Khusus untuk sholat Shubuh, pada raka’at kedua setelah membaca do’a tersebut, disunnahkan untuk membaca do’a qunut. Imam al-Ghazali menjelaskan:
“Dan apabila engkau sedang sholat fardhu shubuh, maka hendaknya membaca do’a qunut di raka’at kedua ketika i’tidal dari ruku’.” (Bidayah al-Hidayah, halaman 46).

Membaca do’a qunut pada raka’at kedua sholat shubuh adalah sunnah di dalam madzhab asy-Syafi’iyyah, dan pendapat ini juga pendapat para shahabat Nabi Shollallaahu ‘alaihi wa sallam. Di dalam kitab Majmu’ Syarah al-Muhadzdzab, imam Nawawi Rahimahullaahu Ta’aala menjelaskan:
“Di dalam madzhab kita (madzhab Syafi’iyyah) disunnahkan untuk membaca do’a qunut di dalam sholat shubuh. Baik ada bala’ maupun tidak, pendapat ini merupakan pendapat kebanyakan ulama salaf dan yang sesudahnya. Dan diantara yang berpendapat demikian adalah Abu Bakr ash-Shiddiq, Umar ibn al-Khaththab, Utsman, ‘Ali, Ibn Abbas, dan al-Barra’ ibn Azib Radhiyallaahu ‘anhum. Demikian diriwayatkan oleh al-Baihaqi dengan sanad Shahih.” (Majmu’ Syarah al-Muhadzdzab, juz 3, halaman 483)
Dalil yang dijadikan landasan pendapat ini adalah:
“Diriwayatkan dari Abdurrazzaq ia berkata, diriwayatkan dari Abu Ja’far (ar-Raziy) dari ar-Rabi’ bin Anas dari Anas bin Malik ia berkata: Rasulullah Shollallaahu ‘alaihi wa sallam senantiasa membaca do’a qunut di waktu sholat shubuh hingga wafat beliau.” (Musnad Ahmad, juz 25, halaman 242[12196])
“Diriwayatkan dari Anas bahwasanya Nabi Shollallaahu ‘alaihi wa sallam membaca do’a qunut selama satu bulan kemudian beliau menghentikannya. Adapun di dalam sholat Shubuh beliau senantiasa membaca do’a qunut hingga wafat beliau.” (Sunan ad-Daruquthni, juz 4, halaman 399[1712])
Sanad hadits ini adalah shahih, sehingga dapat dijadikan hujjah. Imam Nawawi menjelaskan hal ini di dalam kitabnya Majmu’ Syarah al-Muhadzdzab:
“Hadits yang diriwayatkan dari Anas adalah hadits shahih yang diriwayatkan dari banyak huffazh ahli hadits dan mereka menyatakan akan keshahihannya, diantara yang menyatakan shahih adalah al-Hafizh Abu Abdillah Muhammad bin Ali al-Balkhi, al-Hakim Abu Abdillah di beberapa tempat di kitabnya dan al-Baihaqi. Dan diriwayatkan pula oleh ad-Daruquthni dari jalur ini dengan sanad shahih. Dari al-Awwam bin Hamzah ia berkata: `Aku bertanya kepada Abu Utsman mengenai bacaan qunut di dalam sholat shubuh. Beliau menjawab: ia dilakukan setelah ruku’. Aku bertanya lagi: Siapa yang menyatakan demikian? Beliau menjawab: dari Abu Bakr, Umar, Utsman radhiyallaahu ‘anhum.’ Diriwayatkan oleh al-Baihaqi dan beliau berkata: Sanad hadits ini Hasan. Dan meriwayatkan pula al-Baihaqi dari Umar  melalui jalur ini. Dan dari Abdullah bin Ma’qil seorang Tabi’in, ia berkata: `Sayyiduna Ali Radhiyallaahu ‘anhu senantiasa membaca do’a qunut di waktu sholat shubuh.` Diriwayatkan oleh al-Baihaqi dan beliau berkata: riwayat dari Sayyidina Ali ini shahih. Dan dari al-Bara’ Radhiyallaahu ‘anhu ia berkata: `Bahwasanya Rasulullah Shollallaahu ‘alaihi wa sallam membaca qunut di waktu sholat shubuh dan maghrib` –diriwayatkan oleh Muslim, dan juga oleh Abu Dawud namun beliau tidak menyebutkan kata “maghrib” di dalam riwayatnya.—Dan tidak mengapa meninggalkan qunut di waktu sholat maghrib dikarenakan ia bukan kewajiban’. ” (Majmu’ Syarah al-Muhadzdzab, juz 3, halaman 484)
Bacaan do’a qunut yang masyhur diajarkan langsung oleh Nabi Shollallaahu ‘alaihi wa sallam adalah do’a qunut yang diriwayatkan oleh Sayyiduna Hasan bin Ali bin Abi Thalib:
“Ya Allah, berikanlah kami petunjuk seperti orang-orang yang telah Engkau beri petunjuk. Berilah kami kesehatan seperti orang-orang yang Engkau beri kesehatan. Berilah kami perlindungan seperti orang-orang yang Engkau beri perlindungan. Berilah berkah terhadap segala sesuatu yang Engkau berikan kepada kami. Jauhkanlah kami dari segala kejahatan yang Engkau pastikan. Sesungguhnya Engkaulah Yang Maha Menentukan dan Engkau tidak dapat ditentukan. Dan tidak akan hina orang yang Engkau lindungi. Dan tidak akan mulia pula orang-orang yang Engkau musuhi. Sungguh Engkau Sang Maha Pemberi Berkah dan Maha Luhur.” (Sunan Abi Dawud, juz 4, halaman 210).
Disebutkan pula di dalam Sunan an-Nasa’i dengan penambahan bacaan sholawat { وَصَلَّى اللَّهُ عَلَى النَّبِيِّ مُحَمَّدٍ } di akhir do’a qunut. (Sunan an-Nasa’i, juz 6, halaman 259).
Dijelaskan pula oleh Syekh Nawawi al-Bantani di dalam kitabnya Maraqi al-Ubudiyyah bahwasanya dianjurkan untuk membaca sholawat kepada Nabi Shollallaahu ‘alaihi wa sallam di akhir do’a qunut.
“Akan tetapi lebih utama untuk membaca do’a qunut yang diajarkan oleh Nabi Shollallaahu ‘alaihi wa sallam:

Dan disunnahkan pula untuk membaca sholawat diakhir do’a qunut:

” (Maraqi al-Ubudiyyah)